Upaya untuk jaga koleksi kitab di Dayah Syaikhuna dimulai dari titik paling atas, yaitu bagian atap. Sebelum renovasi dilakukan, terdapat beberapa titik kebocoran yang sangat mengkhawatirkan saat hujan turun. Tetesan air hujan merupakan musuh utama bagi kertas tua karena dapat menyebabkan timbulnya jamur dan pelapukan dini. Oleh karena itu, seluruh material genteng yang lama diganti dengan sistem atap yang lebih modern dan anti-bocor. Pemasangan lapisan kedap air (waterproofing) juga dilakukan untuk memastikan tidak ada rembesan air yang masuk melalui celah bangunan, sehingga suhu dan kelembapan di dalam perpustakaan tetap terjaga pada level yang ideal.
Selain perbaikan pada bagian pelindung luar, interior perpustakaan juga mengalami perubahan besar. Rak-rak kayu yang lama, yang mulai menunjukkan tanda-tanda serangan rayap, diganti dengan rak berbahan logam yang telah dilapisi cat anti-karat. Penggunaan rak logam ini lebih aman untuk penyimpanan jangka panjang karena tidak mengandung asam yang dapat merusak kertas dan tidak menjadi tempat persembunyian serangga perusak buku. Penataan rak juga dibuat lebih ergonomis dengan sistem sirkulasi udara yang lebih lancar di sela-sela lorong buku, sehingga tidak ada sudut ruangan yang terasa lembap atau pengap.
Pentingnya melakukan restorasi atap dan perbaikan rak ini juga berkaitan dengan kenyamanan para santri dan peneliti yang berkunjung. Perpustakaan yang bersih, terang, dan bebas dari bau apek akibat kelembapan akan membuat siapa pun betah berlama-lama melakukan telaah literatur. Cahaya lampu di dalam ruangan pun disesuaikan agar tidak merusak pigmen tinta pada kitab-kitab tua namun tetap memberikan penerangan yang cukup bagi mata pembaca. Dengan fasilitas yang mumpuni ini, Dayah Syaikhuna berharap minat baca santri terhadap literatur-literatur primer semakin meningkat.
Pengelola Dayah Syaikhuna menjelaskan bahwa koleksi kitab yang ada merupakan amanah dari para sesepuh dan guru-guru terdahulu. Menjaga fisik kitab sama pentingnya dengan menjaga orisinalitas isinya. Jika fisik kitab hancur karena kelalaian dalam perawatan bangunan, maka generasi mendatang akan kehilangan akses langsung terhadap sumber ilmu yang otentik. Oleh karena itu, biaya yang dikeluarkan untuk restorasi ini dianggap sebagai investasi intelektual yang nilainya tidak terhingga. Selain itu, manajemen perpustakaan kini mulai menerapkan sistem digitalisasi katalog untuk mempermudah pencarian, yang berjalan beriringan dengan perbaikan fasilitas fisik.