Salah satu pilar utama dari pendidikan di sini adalah upaya menjaga kelestarian kitab kuning sebagai sumber rujukan utama. Kitab kuning, atau literatur klasik Islam yang ditulis oleh para ulama terdahulu, mengandung kedalaman metodologi hukum, akidah, dan tasawuf yang sangat komprehensif. Di Dayah Syaikhuna, para santri dididik untuk menguasai alat-alat kebahasaan seperti Nahwu dan Sharaf secara mendalam agar mampu membedah isi kitab tersebut secara mandiri. Hal ini sangat penting agar pemahaman agama tidak bersifat instan atau sekadar potongan informasi dari media sosial yang seringkali kehilangan konteks aslinya.
Tantangan terbesar muncul saat lembaga ini harus berhadapan dengan era modern 2026 yang serba digital. Namun, Dayah Syaikhuna tidak menutup mata terhadap teknologi. Alih-alih menjauhinya, mereka mengintegrasikan teknologi sebagai alat pendukung. Misalnya, proses pengarsipan kitab-kitab langka dilakukan secara digital agar tetap bisa diakses oleh generasi mendatang. Selain itu, diskusi mengenai isi kitab kuning kini sering dikaitkan dengan problematika kontemporer, seperti etika lingkungan, ekonomi digital, hingga isu-isu kemanusiaan global. Dengan demikian, ilmu klasik tersebut tetap terasa hidup dan memberikan solusi bagi masyarakat modern.
Keunggulan dari sistem di Dayah Syaikhuna Aceh adalah metode talaqqi atau belajar langsung di bawah bimbingan seorang guru yang memiliki sanad keilmuan yang jelas. Dalam tradisi dayah, hubungan antara guru dan murid bukan sekadar transfer informasi, melainkan transfer adab dan spiritualitas. Hal ini menjadi pembeda utama di zaman sekarang, di mana banyak orang merasa cukup belajar agama melalui mesin pencari. Dengan bimbingan langsung, santri tidak hanya pintar secara intelektual, tetapi juga memiliki kerendahan hati dan kebijaksanaan dalam menyikapi perbedaan pendapat yang sering ditemui dalam literatur klasik.
Visi besar lembaga ini dalam menjaga kelestarian kitab kuning juga diwujudkan melalui program penulisan ulang atau syarah terhadap kitab-kitab tertentu agar lebih mudah dipahami oleh kaum awam. Santri senior didorong untuk membuat ringkasan atau terjemahan yang kontekstual tanpa merubah substansi aslinya. Upaya ini memastikan bahwa kekayaan intelektual ulama Aceh dan nusantara pada umumnya tidak berhenti di perpustakaan yang berdebu, melainkan terus mengalir dalam diskusi-diskusi di masjid, kampus, hingga ruang publik digital.